O Setor de Pastoral Escolar tem como principal missão zelar para que a dimensão de pastoral, compreendida como cuidado e como processo de crescimento intelectual, existencial e espiritual seja fortalecida em cada integrante da escola.

A partir desta missão e compreensão, o Setor de Pastoral Escolar passa a ter dupla função: de um lado, cabe-lhe a tarefa de contribuir, juntamente com os demais setores, para que a Comunidade Educativa viva o processo de Escola em Pastoral; de outro, ele possui a função de atender às atividades pastorais que são desenvolvidas, na e pela escola. Para atender estas duas funções e orientar os trabalhos no seu todo, existe o Plano de Pastoral da Província.

O Plano do Setor de Pastoral procura destacar as principais atividades e projetos que serão desenvolvidas pela Pastoral durante cada ano e os programas de Formação, Ação e Espiritualidade. Estas atividades e projetos que o compõem, tem o objetivo de contemplar os diferentes segmentos da Comunidade Educativa: as crianças, os educadores (funcionários e professores), as famílias etc.

A principal missão da pastoral escolar é cuidar da coletividade, oportunizando experiências que possam integrar educandos e educadores, numa perspectiva de comunidade aberta, capaz de cultivar e aprofundar a fé, a fim de alcançar uma educação integral. Podemos definir a pastoral escolar como uma instância instauradora das condições necessárias para o diálogo, a vivência da fé e o cultivo dos valores evangélicos.